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段木熟料栽培灵芝生产工序多，菌棒污染原因多，每一个生产环节不注意都有可能造成芝棒污染。坚决杜绝不严格执行操作规程，完全凭经验、想当然地进行段木灵芝生产的做法。一般而言，在品种优良，菌种生长良好，段木基质适宜，灭菌彻底，接种操作规范，培养条件适合，菌木达到生理成熟，芝棒下地及田间管理到位的条件下，就能够生产出优质的灵芝产品。所选用菌材树龄以5-20年为宜，于农历9月落叶后至翌年2月抽枝前砍伐，削平树钉截成15厘米长，装入26厘米x50厘米X0.05毫米的灵芝专用栽培袋中，注意不要让木质纤维扎穿袋子，以免造成后期污染。
防治措施针对芝棒污染原因和引发途径，生产上，要掌握灵芝品种的特征特性，提供适宜其生长的环境条件，规范操作，并贯彻为主的方针，避免或减少芝棒感染杂菌。选用优良品种，对退化品种进行提纯复壮选用抗病性强、生活力强、高纯度的菌种进行接种。经多年试验示范，以采收子实体为主的菌株“日本赤灵芝”，采芝、收粉兼用型菌株“黄山8号”两个优良菌株较适宜我省气候特点及段木熟料灵芝栽培模式，由于栽培多年，该两个品种有退化趋势，需进行提纯复壮。科学安排栽培季节根据中原地区气候特点，短段木灵芝菌棒制作期选在11月上旬至翌年2月上旬为宜，在此时段内，为让菌丝有足够的发菌时间，宜利用当地气候资源，提早制作菌棒。
相关研究发现，灵芝抱子的作用主要由多糖、三萜等有效成分起作用.例如，Fukuzawa等19研究发现灵芝抱子中含有16~20个碳的长链脂肪酸，能够抑制各种癌细胞的增殖；Liu等閃通过气相色谱检测出含16个、18个碳的脂肪酸，具有抑制癌细胞增殖的作用，Gao等回发现含有19个碳的脂肪酸也具有抑制癌细胞增殖的作用，Shen等因发现灵芝抱子可以通过调节肝细胞和几种相关免疫细胞的miRNA来抑制人肝癌细胞HepG2的增殖，从而达到治疗肝癌的目的，在测定的61个miRNA中,miR-3131的表达多，Li等阴观察灵芝抱子的超临界CO2提取物对离体胆管癌的影响，发现其能抑制离体胆管癌的迁移，其作用主要是通过抑制TGF-01诱发上皮间质转化（EMT）,从而抑制EMT胆管癌细胞的迁移.此外，其他相关研究还指出，灵芝抱子提取物对乳腺癌、前列腺癌、结肠癌等多种癌症治疗均有效果.
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袋栽与瓶栽过程相似，只是采用聚乙烯或聚氯乙烯塑料袋，装至离袋口约10cm处，收拢袋口，套塑料套环，加棉塞。灭菌，在无菌条件下接种培养。当菌丝长到袋的1/2左右时拔去棉塞和套环，露出料面，让其出芝。注意不要过早打开袋口，以免菌丝干涸而影响子实体发生。段木栽培选择栎树、榆树、桦木等阔叶树种，树龄7~10年，树径6~15cm。砍伐截段伐树在落叶后至翌年萌芽前进行，砍伐时不要损伤树皮。接种前锯成段，浸水12?15h，增加含水量，以利发菌。打孔接种用皮带冲安装在接种锤上打孔，直径约9.6?10mm，随即用接种枪接入菌种，然后用树皮盖封穴，接种选晴天进行，做到边打孔，边接种，边封穴。
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